Prečo sa ignoruje význam HERV-K102 ako ochranného vírusu proti pandemickým vírusom

Substack, Dr. Marian Laderoute, 26. januára 2023

HERV-K102 ako korelát ochrany proti pandémiám RNA vírusov: HIV-1 a SARS-CoV-2

https://f1000research.com/articles/6-868 [1]

Často sa ma pýtajú, prečo hlavný prúd lekárskej vedy neuznáva skutočnosť, že ľudia majú na chromozóme 1q22 zakódovaný plne replikačne kompetentný protektívny, penový retrovírus identifikovaný ako HERV-K102 [1,2,3,4].

O tom, že neochota priznať si to pretrváva, svedčí skúmanie predtlače oproti publikovanej verzii nedávnej práce o (IgG2) protilátkach proti doméne povrchovej jednotky (SU) obalu HERV-K102 u pacientov so systémovým lupus erythematosus (SLE), ktoré prostredníctvom tvorby komplexu s rozpustným HERV-K102 SU Env aktivujú neutrofily prostredníctvom FCGR3B/CD16B [5]. V tomto prípade sa preprint zo septembra 2019 [5] odvoláva na článok Laderoute et al, 2007 [2], zatiaľ čo verzia uverejnená v JEM v júli 2021 nie (obr._1).

Zdá sa, že hlavným dôvodom je to, že virológovia pevne veria, že doména Rec, ktorá sa nachádza v HERV-K HML-2 typu II, je "ABSOLÚTNOU POŽIADAVKOU PRE replikáciu všetkých RETROVÍRUSOV, takže musí byť potrebná pre tvorbu viriónov HERV-K HML-2." Jediným problémom je, že hoci to môže platiť pre retrovírusy spôsobujúce ochorenia alebo ortoretrovírusy, pre penové retrovírusy to NEPLATÍ. Najlepšie preskúmaným z týchto NEPATOGÉNNYCH, penovitých RETROVÍRUSOV je Prototyp penového vírusu (PFV) šimpanzov, ktorý je samozrejme replikačne kompetentný a nemá Rec-like doménu [6].

Treba priznať, že mnohé publikácie najmä jednej skupiny, ktorá tvrdila, že RNA sekvencie HML-2 možno nájsť v plazme a interpretovať ich ako "produkciu častíc", boli nesprávne [7]. Včasné použitie DNAse na štiepenie genomickej DNA (ktorá obsahuje významné množstvo provírusov HML-2) počas izolácie alebo pred ňou, a nie po izolácii, bolo obvinené ako príčina zistenia "RNA" v troch prácach jednej výskumnej skupiny [7].

Táto obava sa však netýkala našej výskumnej skupiny. Najprv sme v pilotnej štúdii zistili, že častice HERV-K102 izolované z plazmy pomocou súpravy QIAmp UltraSens Virus Isolation Kit pre DNA a RNA vírusy boli vždy DNA, ako sa očakávalo v prípade spumavírusov alebo penových retrovírusov [8].

Tieto počiatočné PCR a RT-PCR používali nové nami vyvinuté primery na detekciu HERV-K102 aj iných členov rodiny HML-2. Účinnosť PCR za týchto podmienok ukázala, že PCR s B-aktínom bola približne dvakrát citlivejšia ako PCR s HERV-HML-2 (obr._1).

Obr. 1: Relatívna citlivosť PCR (dráhy 1–5) a RT-PCR (dráhy 7–11) ukazuje, že primery pre b-Aktín (produkt 661 bp) v porovnaní s HERV-K HML-2 pol (produkt 293 bp ) sú výrazne účinnejšie.

Porovnanie relatívnej citlivosti PCR pre HERV-K102 pol v porovnaní s b-aktínom na CB bunkách kultivovaných 6 dní a extrahovaných pomocou Tri-reagentu titráciou množstva použitých templátov. Amplifikované produkty PCR z PCR b-aktínu (661 bp) aj HERV-K (293 bp) boli vložené do každého pruhu, aby sa uľahčilo porovnanie. Pruh 1, štandardy molekulovej hmotnosti 100 bp. Templáty DNA boli použité čisté (pruh 2) alebo zriedené 1/3 (pruh 3), 1/10 (pruh 4), 1/30 (pruh 5) alebo 1/100 (pruh 6). RNA šablóny sa použili čisté (pruh 7) alebo zriedené 1/3 (pruh 8), 1/10 (pruh 9), 1/30 (pruh 10) alebo 1/100 (pruh 11). Výsledky ukazujú, že PCR s b-aktínom bola v priemere dvakrát citlivejšia v porovnaní s PCR s HERV-K102 pol.

S týmto vedomím sme mohli interpretovať výsledky na obr._2. V negatívnych zdravých kontrolách (30/30, údaje nie sú uvedené) sa nezistili žiadne signály pre RNA alebo DNA pre HML-2 alebo B-aktín. DNA beta-aktínu, ale nie RNA, bola zistená v špicatej pozitívnej kontrole, ale nie v žiadnej z analyzovaných vzoriek, čo ukazuje, že RNA nekontaminovala analýzu. DNA by sa mohla kontaminovať len vtedy, ak by plazma nebola dostatočne dlho centrifugovaná. Preto signály, ktoré sa zistili, pochádzali z izolovaných častíc a neodrážali kontamináciu.

V niektorých prípadoch ťažkej akútnej infekcie EBV (pruh 3), aktívnej (pruh 4) a postupujúcej sklerózy multiplex (SM) (pruh 5) sa RNA pravdepodobne z iných členov HML-2 a možno aj HERV-K102 spoluvytvárali v izolovaných časticiach (obr._2). V časticiach pacienta s CFS ani vo vzorkách pupočníkovej plazmy však nebola obsiahnutá žiadna RNA.

Analýzy potvrdili zistenie, že častice HERV-K102 obsahujú prevažne genómy DNA, ako sa očakáva pre nepatogénne penové retrovírusy [8]. Rozsiahly a nevyvrátiteľný dôkaz, že HERV-K102 má významné znaky penových vírusov, bol uvedený v doplnkových materiáloch v referencii 3. To znamená, že HERV-K102 je pravdepodobne nepolapiteľný penový vírus ľudí!

Obr. 2. Pilotná štúdia na overenie typu provírusových genómov HERV-K102 obsahujúcich pol pomocou PCR a RT-PCR v časticiach izolovaných zo vzoriek plazmy.

Častice boli izolované z plazmy pomocou súpravy na izoláciu vírusov a následne podrobené PCR alebo RT-PCR. HERV-K HML-2 mRNA je zobrazená na hornom paneli, HERV-HML-2 DNA na druhom z horných panelov; b-aktínová mRNA na treťom paneli a b-aktínová DNA na dolnom paneli. Pruh 1 (pozitívna kontrola metodiky): 0,5 x 10(6) čerstvo izolovaných (neindukovaných) PBMC nasypaných do negatívnej kontrolnej plazmy pred izoláciou častíc (odrážajúcich kontamináciu). Pruh 2: Pacient s chronickým únavovým syndrómom (CFS), ktorý ukončil liečbu ľubovníkom bodkovaným na 84 hodín (qPCR v reálnom čase ukázala 2,55 x 10(11) častíc na ml plazmy). Pruh 3: závažný, akútny prípad infekcie vírusom Epsteina Barra (EBV). Pruh 4: vzorka pacienta so sklerózou multiplex (SM) pri prvotnej diagnóze. Pruh 5: ten istý pacient ako v pruhu 4, ale v čase progresie. Pruh 6: plazma z pupočníkovej krvi. Pruh 7: plazma z pupočníkovej krvi. Dve ďalšie vzorky pupočníkovej krvi a 30/30 vzoriek normálnej zdravej kontrolnej plazmy boli negatívne (údaje nie sú uvedené). Vzorky od toho istého pacienta s SM zobrazeného v pruhoch 4 a 5 počas remisie na liečbe interferónom beta boli negatívne, rovnako ako rôzne vzorky odobraté pacientovi s CFS počas liečby ľubovníkom bodkovaným na nespavosť a vzorka z remisie pre pruh 3 zahŕňajúca akútny prípad EBV.

V našom prípade sme nikdy neizolovali RNA z plazmy na test qPCR ddCt v reálnom čase, ktorý namiesto toho testoval DNA na hladiny HERV-K102 pol nad 18S RNA, pričom táto slúžila ako kontrola genomických ekvivalentov (t.j. genomickej DNA). DNA z plazmy sme izolovali pomocou súpravy Qiagen Mini DNA extraction kit [2]. Chceli sme navrhnúť metódu, ktorá by 1. overila, že použitá metóda (extrakcia, PCR v reálnom čase) funguje pre každú vzorku a 2. poskytla signál nad pozadím genómovej DNA, ktorý by sa dal interpretovať ako indikácia častíc HERV-K102. V podskupine pacientov s HIV-1, u ktorých bol známy stav antiretrovírusovej liečby, sme tiež overili, že zistený nadbytočný signál DNA je skutočne cDNA, ako to dokazuje jej citlivosť na štiepenie uracil-N-glykozylázou (UNG). Reverzne transkribovaná cDNA obsahuje uracil, zatiaľ čo genómová DNA nie. Naše pozitívne qPCR na pacientoch s HIV-1, ktoré vykazovali nadbytočné signály DNA nad úrovňou genómovej DNA, sa stali negatívnymi po natrávení pomocou UNG (t.j. úrovne klesli v rámci 2 štandardných odchýlok 30/30 zdravých kontrol, kde bol priemer 0,88 +/– 0,37).

Obr. 3. Z [9, obrázok 2A], ktorý ukazuje, že HML-2 DNA v plazme je zvýšená u pacientov s HIV-1 a je štatisticky významná.

Prerušovaná čiara predstavuje hranicu qPCR na úrovni 730 kópií.

Na základe našich skôr uvedených údajov [2, tabuľka 3] možno odhadnúť, že u pacientov s HIV-1 môže byť v priemere len približne 8,200 častíc obsahujúcich HERV-K102 pol cDNA na ml plazmy s mierou odpovede približne 72% (post hoc analýza Laderoute et al., 2007 [2]). To sa zhoduje s odhadmi približne 8,300 častíc HERV-K HML-2 DNA (transmembránovej) env obsahujúcich s mierou odpovede približne 73% z údajov Bhardwaj et al. (2014) [9] zobrazených vyššie (obr._3).

Treba poznamenať, že dve skupiny uviedli neprítomnosť častíc HERV-K HML-2 obsahujúcich RNA vo vzorkách plazmy od pacientov s HIV-1 (Bhardwaj et al., 2014 [9]; Karamitros et al., 2016 [7]), čo naznačuje, že predchádzajúce správy o HML-2 RNA v plazme od pacientov s HIV-1 boli pravdepodobne spôsobené kontamináciou bunkovou DNA.

Celkovo tieto tesne sa zhodujúce výsledky VRÁTANE laboratória Dr. JM Coffina, ktorý napriek vlastným dôkazom dokazujúcim opak tvrdí, že 1. v krvi pacientov s HIV-1 sa nenachádzajú žiadne častice HML-2 a 2. že neexistuje žiadny replikačne kompetentný člen HERV-K HML-2, naznačujú, že v skutočnosti jedinými časticami HML-2 u pacientov s HIV-1 môžu byť častice HERV-K102 s genómami cDNA.

Tieto zistenia potvrdzujú, že HERV-K102 je jediným členom HML-2, u ktorého bola preukázaná replikačná kompetencia in vivo [2,3] a in vitro [3].

Spojenie zvýšeného počtu genómových kópií HERV-K102 u komerčných sexuálnych pracovníčok, o ktorých je známe, že sú odolné voči získaniu HIV-1 (t.j. HIV exponovaná séronegatívna (HESN) kohorta) [3, obr._4], nielenže dokazuje, že HERV-K102 je replikačne kompetentný in vivo (replikácia si vyžaduje integráciu retrovírusov), ale ukazuje, že protektorový systém HERV-K102 je spojený so sterilizačnou imunitou voči RNA pandemickému vírusu HIV-1.

Obr. 4. Komerčné sexuálne pracovníčky (CSW) z Nairobi v Keni, ktoré sú rezistentné voči akvizícii HIV-1, majú zvýšený počet kópií HERV-K102 provirálu v genómovej DNA vylúčenej do plazmy [3].

HIV-1 T = HIV-1 pacienti na antiretrovírusovej liečbe

HIV-1 NT = pacienti s HIV-1, ktorí NIE sú na antiretrovírusovej liečbe

Analýzy sa vykonali s UNG v PCR pufri, ktorý naštiepi akúkoľvek cDNA spojenú s časticami a na analýzu ponechá len genomickú DNA.

Protektorový systém HERV-K102 zahŕňa produkciu častíc indukovanú v penových makrofágoch s negatívnymi lipidovými telieskami WDR74 v dolných dýchacích cestách a v penových makrofágoch s negatívnymi lipidovými telieskami WDR74 (LB-FM) v horných dýchacích cestách nazývaných sebocyty [diskutované v ref. 4]. Tento proces vytvára heterologickú ochranu cez trénovanú imunitu proti mortalite zo všetkých príčin. Chráni pred ťažkým COVIDom-19 a je potrebný na zotavenie z mierneho a stredne ťažkého COVIDu-19 [4]. SARS-CoV-2 sa zameriava na tieto protektorové penové makrofágy prostredníctvom protilátkovo závislého zosilnenia (ADE) infekcie.

Táto stratégia vyraďuje silnú trénovanú vrodenú imunitu [4], prispieva k imunosenescencii, ktorá spôsobuje vznik a progresiu chronických ochorení [10], a poskytuje imunologicky privilegované miesto pre replikáciu SARS-COV-2 premenou LB-FM na LB+FM [11]. Je zrejmé, že to vedie k progresii ochorenia, a nie k ochrane.

Možno považovať za nezodpovedné, aby orgány verejného zdravotníctva schvaľovali a nariaďovali vakcíny proti COVIDu-19, ktoré produkujú IgG na hrotový proteín v horných dýchacích cestách, ktorý selektuje varianty a je spojený s infekciou sprostredkovanou ADE do protektorových penových makrofágov, čo spôsobuje progresiu do ťažšieho ochorenia a smrti.

Táto súvislosť protilátok IgG proti spike proteínu s progresiou závažnosti COVIDu-19 a NEochranou bola dobre známa už pred udelením povolenia EUA na vakcíny proti COVIDu-19 [4].

Veľmi dôležitou prioritou by malo byť potvrdenie, že práve neutralizujúce protilátky vrodenej imunity proti HERV-K102 namerané v [12] silne korelujú s ochranou. Naznačili, že na prevenciu prelomovej infekcie a závažnosti SARS-CoV-2 je potrebné > 250 BAU/ml (väzbové protilátkové jednotky na mililiter séra štandardizované WHO; t.j. WHO International Reference Standard Units) neutralizačných protilátok [12]. Neuvedomili si však, že ich metódy zisťovali VRODENÉ ochranné protilátky proti HERV-K102 Env. S istotou vieme, že protilátky proti hrotu nie sú ochranné, ale naopak spôsobujú prechod do ťažkého ochorenia COVIDu-19 a smrť v dôsledku infekcie ADE do protektorových LB-FM [4].

---

preklad: Takumi Azadi –> https://tinyurl.com/yxxk3y9a

---

1. Laderoute MP. Clues to finding correlates of risk/protection for HIV-1 vaccines [version 2; peer review: 2 approved with reservations] F1000 Research 2018, 6:868.  https://doi.org/10.12688/f1000research.11818.2.

2. Laderoute MP, Giulivi A, Larocque L, et al. The replicative activity of human endogenous retrovirus K102 (HERV-K102) with HIV viremia. AIDS. 2007 Nov 30;21(18):2417-24.

3. Laderoute MP, Larocque LJ, Giulivi A, Diaz-Mitoma F. Further evidence that human endogenous retrovirus K102 is a replication competent foamy virus that may antagonize HIV-1 replication. Open AIDS J. 2015 Dec 7;9:112-22. doi: 10.2174/1874613601509010112.

4. Laderoute MP. Controversies Concerning the Immunology of the COVID-19 Adaptive Immunity Vaccines. pp149, 250 refs (submitted).

5. Tokuyama M, Gunn BM, Venkataraman A, Kong Y, Kang I, Rakib T, Townsend MJ, Costenbader KH, Alter G, Iwasaki A. Antibodies against human endogenous retrovirus K102 envelope activate neutrophils in systemic lupus erythematosus. J Exp Med. 2021 Jul 5;218(7):e20191766. doi: 10.1084/jem.20191766. Epub 2021 May 21.   Also a sightly different preprint is available at https://doi.org/10.1101/776468  Sept 20, 2019 bioRxiv.

6. Yu SF, Lujan P, Jackson DL, Emerman M, Linial ML. The DEAD-box RNA helicase DDX6 is required for efficient encapsidation of a retroviral genome. PLoS Pathog. 2011 Oct;7(10):e1002303. doi: 10.1371/journal.ppat.1002303.

7. Karamitros T, Paraskevis D, Hatzakis A, Psichogiou M, Elefsiniotis I, Hurst T, Geretti AM, Beloukas A, Frater J, Klenerman P, Katzourakis A, Magiorkinis G. A contaminant-free assessment of Endogenous Retroviral RNA in human plasma. Sci Rep. 2016 Sep 19;6:33598. doi: 10.1038/srep33598. 

8. Yu SF, Sullivan MD, Linial ML. Evidence that the human foamy virus genome is DNA. J Virol. 1999 Feb;73(2):1565-72. doi: 10.1128/JVI.73.2.1565-1572.1999.

9. Bhardwaj N, Maldarelli F, Mellors J, Coffin JM. HIV-1 infection leads to increased transcription of human endogenous retrovirus HERV-K (HML-2) proviruses in vivo but not to increased virion production. J Virol. 2014 Oct;88(19):11108-20. doi: 10.1128/JVI.01623-14. 

10. Laderoute MP. A new paradigm about HERV-K102 particle production and blocked release to explain cortisol mediated immunosenescence and age-associated risk of chronic disease. Discov Med. 2015 Dec;20(112):379-91. 

11. Dias SSG, Soares VC, Ferreira AC, et al. Lipid droplets fuel SARS-CoV-2 replication and production of inflammatory mediators. PLoS Pathog. 2020 Dec 16;16(12):e1009127. doi: 10.1371/journal.ppat.1009127. 

12. Piñana JL, Vazquez L, Calabuig M, et al. One-year breakthrough SARS-CoV-2 infection and correlates of protection in fully vaccinated hematological patients. Blood Cancer J. 2023 Jan 5;13(1):8. doi: 10.1038/s41408-022-00778-3.